Este edificio barroco fue construido inicialmente por Antonio Ortiz de Calina y Francisco de Elorriaga entre 1663 y 1673, en terrenos de la anteiglesia de Abando, por un precio en contrato de 82000 reales.

En 1750 José de Recolalde, cantero, reedificó cubiertas, bóvedas e interiores del convento situado junto a Bilbao La Vieja, en un oportuno camino de acceso al Bilbao del comercio.

Su estilo es de un barroco austero debido a la crisis económica que influyó en las construcciones del siglo XVIII, por lo que no presenta grandes novedades artísticas ni ornamentales, sino que muestra un acusado funcionalismo de carácter neutro.

En situación de ruina profunda fue cerrada al culto desde que se derruyó el convento y colegio. Su futuro se presentaba incierto entre la piqueta, la promoción privada o la apropiación por algún organismo público en consonancia con su calificación de monumento artístico y con su pasado. Por ello en 1989 el Ayuntamiento de Bilbao convirtió el edificio en propiedad pública mediante la compra.

Desde el 7 de Abril de 1997 el edificio remodelado es la sede del proyecto BilboRock - La Merced.